Trong khi nước có thể là nơi sinh sống của nhiều loại vi sinh vật, động vật nguyên sinh như giardia và cryptosporidium và vi khuẩn như E. coli, shigella và salmonella là một trong những sinh vật gây ra mối lo ngại phổ biến nhất. Nước cũng có thể vận chuyển vi rút, như vi rút rota và vi rút norovirus. Nước là dung môi phổ quát, thu thập mọi thứ từ muối hòa tan đến chất hữu cơ và hàm lượng khoáng chất khi nó thực hiện hành trình từ nước mưa qua trái đất đến các tầng chứa nước.
Phân và động vật thối rữa trong đất có thể đưa nhiều mầm bệnh trong nước vào nguồn cung cấp nước của chúng ta. Mặc dù không phải tất cả vi khuẩn có trong nước đều nguy hiểm nhưng phần lớn vi khuẩn có thể để lại mùi vị như nấm mốc, rong rêu hoặc mùi đất kéo dài cho nước của bạn. Vi khuẩn này đáng được loại bỏ chỉ đơn giản là để nâng cao chất lượng nước mà bạn và gia đình bạn tiêu thụ.
Các phương pháp xử lý nước hiện đại, như khử trùng bằng clo và tia cực tím, đã đạt được những bước tiến lớn trong việc loại bỏ các bệnh lây truyền qua đường nước như thương hàn đã gây ra cho nền văn minh phương Tây vào đầu thế kỷ 20.
Tuy nhiên, những người có giếng tư nhân hoặc lấy nước từ các nguồn tự nhiên cần phải hết sức thận trọng và sử dụng phương pháp khử trùng nước để đảm bảo rằng nước họ tiêu thụ là nước uống được và không có mầm bệnh nguy hiểm. Các giếng tư nhân không phải tuân theo các tiêu chuẩn nghiêm ngặt của chính phủ về chất lượng nước như một nhà phân phối ở thành phố. Vì vậy, các chủ giếng có trách nhiệm cảnh giác theo dõi giếng của mình và thường xuyên kiểm tra nước để đảm bảo rằng họ nhận thức được những gì có trong nước và có các biện pháp chủ động để giữ an toàn cho bản thân và gia đình.