Thuốc kháng sinh được định nghĩa là thuốc điều trị nhiễm trùng do vi khuẩn gây ra, hoạt động dựa trên việc kìm hãm sự phát triển của vi khuẩn trong cơ thể người bệnh. Trên lâm sàng hiện nay có rất nhiều loại kháng sinh, có thể là kháng sinh phổ rộng loại bỏ được nhiều loại vi khuẩn hoặc chỉ là những kháng sinh đánh vào một số loại vi khuẩn nhất định. Mặc dù có rất nhiều tác dụng trong việc điều trị bệnh nhưng thuốc kháng sinh cũng gây ra không ít những tác dụng phụ nặng nề, điển hình là phá hủy tế bào gan, làm thay đổi hệ vi sinh vật trong đường ruột cũng như làm tăng nguy cơ béo phì. Nghiêm trọng hơn, nếu lạm dụng thuốc kháng sinh có thể dẫn đến tình trạng kháng kháng sinh, khiến cho việc dùng thuốc kháng sinh để tiêu diệt vi khuẩn gây bệnh gặp rất nhiều khó khăn.
Nhiều nghiên cứu trên thế giới đã khuyến cáo rằng nên dùng men vi sinh hoặc những sản phẩm có chứa vi khuẩn có lợi để làm giảm nguy cơ tiêu chảy do kháng sinh làm thay đổi hệ vi khuẩn đường ruột. Thực tế đã cho thấy rằng nếu uống men vi sinh cùng lúc với uống kháng sinh sẽ giảm được tỷ lệ tiêu chảy rất nhiều. Ngoài ra, men vi sinh cũng cần được dùng sau khi uống kháng sinh khoảng vài giờ, vì có thể giúp phục hồi vi khuẩn đường ruột.
Những loại thực phẩm lên men cũng được khuyên dùng để phục hồi hệ vi sinh vật đường ruột sau khi dùng thuốc kháng sinh. Vì thực phẩm lên men có chứa rất nhiều vi khuẩn có lợi như Lactobacilli nên mang đến nhiều lợi ích cho đường ruột của người bệnh dùng thuốc kháng sinh. Một số loại thực phẩm lên men phổ biến đó là sữa chua, phomai, kim chi, đậu nành lên men… Những loại thực phẩm lên men này góp phần làm giảm tình trạng tiêu chảy do thuốc kháng sinh gây ra.